罕见宠物主要分为传说宝可梦、特殊栖息宝可梦以及低概率遭遇宝可梦三类。传说宝可梦包括三神鸟(急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟)、超梦、梦幻、洛奇亚、凤王等,这些宝可梦通常需要完成特定剧情或解谜才能触发遭遇。特殊栖息宝可梦如代欧奇希斯、三神柱(岩神柱、冰神柱、钢神柱)等,往往分布在隐藏区域或需要特殊条件解锁。低概率遭遇宝可梦则包括吉利蛋、迷你龙、哈克龙等,它们在常规草丛或水域的出现率通常低于5%,部分甚至需要特定钓竿才能捕获。
急冻鸟位于双子岛最深处,需推动岩石堵住急流才能抵达其栖息地;闪电鸟藏身于无人发电站底层;火焰鸟则栖息在灯火山顶。超梦需在华蓝洞窟最深处触发战斗,而梦幻仅在红莲岛秘密钥匙对应的建筑内随机出现。代欧奇希斯作为编号386的宝可梦,在幽灵塔特定楼层或天空之柱随机遭遇,其四种形态切换机制增加了捕捉难度。三神柱分别位于1号岛草地、双子岛及无人发电站,需先激活机关才能遭遇。

狩猎地带是获取特殊宝可梦的关键区域,但机制独特。该区域禁止对战,只能通过投掷岩石、诱饵或精灵球进行捕捉。吉利蛋在此出现率仅1%,而哈克龙需使用超级钓竿才有极低概率钓获。藤蔓怪与飞天螳螂同样属于狩猎地带的稀有目标,前者因草属性与神秘外观常被误认作水系,后者则因高颜值与500种族值备受追捧。袋龙作为亲子宝可梦,其生态设定与可拉可拉的都市传说增加了文化内涵。

火红386改版中,杰尼龟等御三家出现率显著提升,而原版需通过交换或剧情获得。雪拉比作为时空穿越主题宝可梦,仅在3号岛左侧森林随机出现。海皇牙与古拉顿分别需在双子岛垂钓和1号岛火焰山地下捕获,其天气特性对战局影响显著。红蓝水督则栖息在7号岛最下方海域,需冲浪技能探索。

捕捉策略方面,高等级宝可梦建议使用高级球或大师球,配合睡眠、麻痹等状态异常提升成功率。急冻鸟等传说宝可梦需提前准备冰抗性队伍,闪电鸟则推荐地面系宝可梦应对。代欧奇希斯因高速度属性,建议携带黑色铁球或先制技能。狩猎地带优先使用诱饵降低逃跑概率,对哈克龙等水系可搭配钓点存档机制反复尝试。全国图鉴升级后,部分宝可梦如凤王、洛奇亚的栖息地才会解锁,需通关后持续探索。